公司前身為水口山礦務局。

1896年，在“洋務維新，實業救國”的思潮影響下，清朝政府設立了水口山鉛鋅礦局。

1922年，在毛澤東的指導下建立了水口山礦黨團組織，傳播馬列主義，開展了震驚中外的水口山工人運動，宋喬生、耿飚等老一輩無產階級革命家由水口山奔向井岡山，走上革命道路。

1949年10月,由湖南省軍管會工礦處接管。

1950年5月，劃歸中南有色金屬管理總局湖南分局領導，改名為中南有色金屬管理總局湖南分局水口山礦務局。

1953年,改由中央重工業部領導,更名為中央重工業部有色金屬管理局中南分局水口山礦務局，并正式成立中國共產黨水口山區委員會。

1968年2月15日,奉湖南省革命委員會籌備領導小組11號文件批準,成立"水口山礦務局革命委員會”。

1996年至1999年,水口山礦務局隸屬于中國有色金屬工業總公司由有色長沙公司直接管理。

1999年8月中國有色金屬工業總公司改組為中國鋁業、銅鉛鋅、稀有金屬三大有色金屬集團公司,水口山礦務局成為中國銅鉛鋅集團公司的成員企業,由中國銅鉛鋅集團公司直接管理。

2000年7月10日,根據國務院《關于調整中央所屬有色金屬企事業單位管理體制有關問題的通知》(國發[200]17號)精神,水口山礦務局下放到湖南省管理。根據省政府湘政函[2000]92號文件精神,下放過渡期內,有關交接、行業管理等工作由有色長沙公司負責。

2001年2月、3月,湖南有色金屬工業總公司、湖南省委企業工委先后成立,水口山礦務局隸屬于湖南省委企業工委,由湖南有色金屬工業總公司直接管理。

2001年9月20日，湘經貿企業[2001]1598號文件,同意水口山礦務局整體改制為水口山有色金屬有限責任公司。

2003年4月23日，湘政辦[2003]55號文件,同意以水口山有色金屬有限責任公司為核心企業組建湖南水口山有色金屬集團有限公司。

2004年8月9日,湘國資任字[2004]1號文件任命湖南水口山有色金屬集團有限公司董事會成員,集團公司正式掛牌運作。

2004年7月，湖南有色金屬工業總公司下屬七家主要生產單位和一個設計院整合并組建了湖南有色金屬控股集團有限公司,湖南水口山有色金屬集團有限公司為其成員企業。

2005年6月,從湖南有色金屬控股集團有限公司劃分出來、由湖南省國資委監管。

2009年12月，中國五礦同湖南有色簽訂戰略合作協議。公司作為湖南有色的子公司，整體加入中國五礦。